Die Langzeitbeobachtung von Ökosystemen ermöglicht es, Auswirkungen von Umweltveränderungen zu erkennen und den Erfolg von Verbesserungsmaßnahmen zu bewerten. Im Kontext von Ökosystemprozessen nimmt die biologische Vielfalt insofern eine zentrale Rolle ein, als Pflanzen, Tiere und Mikroorganismen Stoffkreisläufe steuern und damit Ökosystemfunktionen und Ökosystemleistungen beeinflussen.
Gruppen von Arten können zu Funktionstypen zusammengefasst werden. So binden beispielsweise eine Reihe von Pflanzenarten Luftstickstoff über Symbiosen mit Bakterien, andere wiederum ermöglichen die rasche Besiedlung von Bodenanrissen. Bei redundant vorhandenen Funktionstypen, also hoher biologischer Vielfalt, wird angenommen, dass bei Ausfall einer Art ihre Funktion von einer anderen übernommen wird. Gerade im Hinblick auf Umweltveränderungen (Klimawandel, Luftschadstoffe) ist eine hohe Vielfalt zwischen und innerhalb von Funktionstypen wichtig. Der Erhalt der biologischen Vielfalt ist also nicht nur ethisch motiviert, sondern gewährleistet auch eine nachhaltige wirtschaftliche Nutzung vieler Ökosysteme.
Am österreichischen LTER Standort „Zöbelboden", den das Umweltbundesamt betreibt, werden parallel zur Langzeitbeobachtung von Stoffein- und Stoffausträgen, Erhebungen zu verschiedenen Komponenten der biologischen Vielfalt durchgeführt. So erfolgen wiederholt Inventuren zu den taxonomischen Gruppen der Gefäßpflanzen (380 Arten), Moose (190 Arten), Flechten (90 Arten), Vögel (65 Arten, davon 53 brütend) und zum Makrozoobenthos (220 Arten). Einige von den knapp 1000 Arten werden parallel zum analytischen Monitoring auch als Biomonitoren verwendet (z. B. kumulative Anreicherung von Stoffen in Moosen). LTER Zöbelboden ist auch ein Beitrag zum UN-ECE Programm "Integrated Monitoring", das an ausgewählten Standorten Europas die Auswirkung von Luftschadstoffen auf Ökosysteme sowie deren Trends untersucht. Der Zöbelboden ist ein Knotenpunkt verschiedenster Monitoringprogramme und dadurch eines der am besten bekannten Waldökosysteme Österreichs und Europas.
Der Wichtigkeit von Pflanzen als Indikator für den Ökosystemzustand und seiner Veränderung wird durch flächige Kartierungen von Vergesellschaftungen Rechnung getragen. Anzahl und räumliche Verteilung von Pflanzengesellschaften sind wesentliche Parameter der biologischen Vielfalt. Im Gebiet existieren 62 Vergesellschaftungen des Waldunterwuchses, 11 Flechtengesellschaften, 7 forstliche Standortstypen (kleinklimatisch, geländemorphologisch und bodenkundlich homogene Gruppen) und 10 Bestandestypen in Bezug auf wildökologische Kriterien.
Die Prozesse innerhalb von Pflanzengesellschaften, die das Koexistieren von Arten und Individuen bei gegebenen Standortsfaktoren und biotischen Interaktionen gewährleisten, werden an zwei ausgewählten Bereichen untersucht. An diesen Beobachtungsflächen liegen auch detaillierte Messungen zum Stoffhaushalt vor.
Gerade im Hinblick auf die durch Umweltänderungen mögliche Einschränkung von Ökosystemfunktionen (z. B. Retention von vermehrt eingebrachtem atmosphärischen Stickstoff in Wälder) werden die Langzeitbeobachtungen von LTER Zöbelboden in Zukunft wertvolle Informationen liefern.
Der Standort repräsentiert wesentliche Habitat-Typen der Nördlichen Kalkalpen und ist insofern besonders interessant, als erhebliche Anteile der österreichischen Bevölkerung mit Quellwasser aus diesen Bereichen versorgt werden.
Funktionierende Ökosysteme sind gerade in den Karstgebieten der Nördlichen Kalkalpen eine Grundvoraussetzung für qualitativ hochwertiges Trinkwasser. Darüber hinaus werden die Daten im Rahmen von europäischen Netzwerken und Forschungsprojekten in Bezug auf Veränderungen der biologischen Vielfalt ausgewertet.