Mit ca. 100.000 km Fließgewässerlänge und etwa 9.000 stehenden Gewässern mit zusammen rund 370 km2 Wasserfläche (zuzüglich 103 km2 Schilfgürtel am Neusiedlersee) ist Österreich (Fläche 83.850 km2) ein wasserreiches Land (Spitzenberger 1988).
Die reichhaltige Oberflächengliederung unseres Landes führt zu einer großen Vielfalt an verschiedenen Feuchtbiotopen, die einer vergleichsweise hohen Zahl von an aquatische Lebensräume gebundenen Vogelarten Lebensmöglichkeiten bietet.
Österreich wird zum überwiegenden Teil von der Donau und ihren Nebenflüssen wie z.B. Inn, Enns, March, Drau und Mur entwässert, nur Teile des Westens stehen über Bregenzerach und Ill mit dem Rhein in Verbindung und der äußerste Norden Ober- und Niederösterreichs wird über die Gusen, Maltsch und Lainsitz zur Moldau und Elbe hin entwässert.
Österreich wies noch um die Mitte des 19. Jahrhunderts einen großen Reichtum an verschiedenen Fließgewässertypen auf. Das Spektrum reichte von den ausgedehnten Tieflandauen der March und Donau bis zu Wildflussstrecken in den Alpen.
Durch Regulierungen und Kraftwerksbauten sind diese natürlichen Fließgewässerbiotope heute nur mehr in minimalen Resten vorhanden: So waren in Österreich Anfang der 80er Jahre nur mehr 1.469 Auengewässer mit einer Gesamtfläche von 2.040 ha (75,7% dieser Fläche liegen an der Donau) vorhanden, weniger als ein Zehntel des ursprünglichen Bestandes; mehr als zwei Drittel davon sind ohne ausreichenden flussdynamischen Anschluss und damit zum langsamen Sterben verurteilt.
Der Großteil der erhaltenen natürlichen Auengewässer liegt entlang der Donau und March, Reste auch an Thaya und Salzach. Abgedämmte ehemalige Auen und Ausstände sind in größeren Flächenanteilen noch an Donau, March, Raab, Lafnitz, Enns sowie am Unterlauf der Mur, an der Rheinmündung und an der mittleren Drau vorhanden (Gepp 1985).
In den Alpen sind längere natürliche Flussstrecken mit großen Schotterfeldern vor allem entlang des Lech, teilweise auch an Alfenz, Isel und Gailitz zu finden.
Fast alle größeren Seen Österreichs sind eiszeitlichen Ursprungs und liegen daher in Gebieten pleistozäner Zungenbecken, wie etwa im Salzkammergut oder in Kärnten. Lediglich der Neusiedler See, der im Osten Österreichs liegt, fällt hinsichtlich seiner Entstehung aus diesem Rahmen: Als echter Steppensee enthält er stark sodahaltiges Wasser. Seine Tiefe beträgt beträgt meist nur 1 bis 1,5 Meter.
Neben diesen größeren Seen existieren nach der letzten Eiszeit auch zahlreiche, vom Grundwasser gespeiste und oft nur periodische Kleingewässer, von denen der Großteil in den letzten Jahrtausenden verlandete; dies führte neben der Bewachsung bodennasser Stellen zur Bildung zahlreicher Nieder- und Hochmoore.
Gebiete gehäuften Moorvorkommens liegen vor allem in den großen Tälern der nördlichen Kalkalpen, im Rheintal, im Bregenzer Wald, im Klagenfurter Becken, im östlichen Mühl- und westlichen Waldviertel sowie rund um den Neusiedler see (Steiner 1982).
Neben diesen auf natürliche Weise entstandenen Seen und Feuchtgebieten wurden in den letzten Jahrhunderten in Österreich auch zahlreiche künstliche Gewässer angelegt, die zum Teil große Bedeutung für die Wasservogelfauna haben:
Die zum Teil bereits im Mittelalter, vor allem aber im 16. und 17. Jahrhundert angelegten und mittlerweile weitgehend naturnahen großen Fischteiche zählen heute zu den wichtigsten Wasservogelbrutgebieten Österreichs. Die größte Zahl an Fischteichen findet sich im nordwestlichen Waldviertel (insgesamt 1.373 Teiche).
Weitere Teichgebiete finden sich auch in der südöstlichen und westlichen Steiermark und in Teilen Kärntens. In den anderen Bundesländern spielt die Teichwirtschaft nur eine untergeordnete Rolle.
Durch den im 20. Jahrhundert beginnenden Schotter- und Kiesabbau entstanden vorwiegend in den größeren Flusstälern zahlreiche Schotterteiche. Nach Beendigung des Abbaus wurden diese meist der Freizeitnutzung zugeführt (Badegewässer). Als Wasservogellebensräume sind Schotterreiche kaum von Bedeutung. Die meisten Schotterabbaustellen konzentrieren sich in Österreich auf das Flusstal der Donau und ihrer Nebenflüsse sowie auf die Niederungen Ostösterreichs (Marchfeld, Wiener Becken, Parndorfer Platte). Auch im Rheintal sowie im Grazer und Leibnitzer Feld wird Schotter und Kies abgebaut.
In den Alpen entstanden Mitte des 20. Jahrhunderts zur Energiegewinnung zahlreiche Speicherseen. Diese liegen in der Nähe von Gletscherregionen. In diesen Speicherseen konnten sich aufgrund der starken Durchmischung und des stark schwankenden Wasserstandes keine naturnahen Ökosysteme entwickeln.
Dies gilt in der Regel auch für die Stauseen an den Mittel- und Unterläufen der Flüsse. Allerdings gibt es hier einige bemerkenswerte Ausnahmen, wo sich, von der planerischen Seite her zumeist ungewollt, wertvolle Sekundärlebensräume für brütende Wasservögel ausgebildet haben: Die an der bayerisch-oberösterreichischen Grenze gelegenen Stauseen am Unteren Inn (Feuchtgebiet von internationaler Bedeutung nach der Ramsar-Konvention), mit Einschränkungen auch der Völkermarkter Stausee an der Drau, der Murstausee Gralla sowie der Ennsstausee Staning. 1986 existierten in Österreich 73 Laufkraftwerke mit über zehn Megawatt Leistung.
Tabelle: Die 15 größten österreichischen Naturseen
| Name | Bundesland | Größe (in km2) | Höhenlage (in m) |
| Neusiedler See | Bgld | 232,7 | 115 |
| Attersee | Oö | 45,6 | 469 |
| Bodensee (österr. Teil) | Vbg | 38,7 | 396 |
| Traunsee | Oö | 25,6 | 420 |
| Wörther See | Ktn | 19,4 | 440 |
| Mondsee | Sbg, Oö | 14,2 | 481 |
| Millstätter See | Ktn | 13,3 | 588 |
| Wolfgangsee | Sbg, Oö | 13,1 | 538 |
| Ossiacher See | Ktn | 10,8 | 502 |
| Hallstätter See | Oö | 8,6 | 508 |
| Achensee | T | 6,8 | 929 |
| Weissensee | Ktn | 6,5 | 929 |
| Wallersee | Sbg | 6,4 | 505 |
| Obertrumer See | Sbg | 4,8 | 503 |
| Zeller See | Sbg | 4,6 | 750 |
| Grundlsee | Sbg | 4,1 | 708 |